Dans son Dom Juan, Molière a dépeint un libertin d'idées et de mœurs.
Cependant, si le comportement de Dom Juan est licencieux et s'il prône le plaisir immédiat, c'est le libre penseur qui l'emporte, celui qui ne croit pas aveuglément et qui doute, celui qui raisonne devant les évidences de la vie dont se contentent ses contemporains.

Sganarelle présente tout de suite son maître comme un athée (acte I, scène 1) :

 (…) tu vois en Dom Juan, mon maître, le plus grand scélérat que la terre ait porté, un enragé, un chien, un diable, un Turc, un hérétique, qui ne croit ni Ciel, ni saint, ni Dieu, ni loup-garou, qui passe cette vie en véritable bête brute, en pourceau d'Épicure, en vrai Sardanapale, qui ferme l'oreille à toutes les remontrances chrétiennes qu'on lui peut faire, et traite de billevesées tout ce que nous croyons.

Et, le lui reproche ouvertement (acte I, scène 2) :

 Ma foi ! Monsieur, j'ai toujours ouï dire que c'est une méchante raillerie que de se railler du Ciel, et que les libertins ne font jamais une bonne fin.

Puis à l'acte III, scène 1, Dom Juan s'en explique très clairement :

 Sganarelle :
(…) Mais, encore faut-il croire quelque chose dans le monde : qu'est-ce donc que vous croyez ?

Dom Juan :
Ce que je crois ?

Sganarelle :
Oui

Dom Juan :
Je crois que deux et deux sont quatre, Sganarelle, et que quatre et quatre sont huit.

Sganarelle :
La belle croyance et les beaux articles de foi que voici. Votre religion, à ce je vois, est donc l'arithmétique ?

En fait, tout au long de la pièce de Molière, non seulement Dom Juan expose sa conception matérialiste du monde, mais il refuse le pouvoir de Dieu et s'estime même au-dessus de ses lois.

Ses propos sont d'autant plus dangereux pour son auteur que le libertinage ne dérange pas, à l'époque, que les dévots. Pour Louis XIV, il représente une menace sérieuse, car il défend des théories subversives qui remettent en question la validité d'une société et d'une monarchie dont l'axe principal est la religion.
De plus, ce courant de pensée se répand parmi la noblesse, que Dom Juan symbolise.
Celle-ci, souvent en mal d'exaltation individuelle, s'oppose ainsi à un centralisme despotique qui ne lui permet plus, comme au temps passé, d'affirmer son indépendance.

Rosimond, dans son Nouveau Festin de Pierre ou l'Athée foudroyé s'attache davantage au libertinage de mœurs et aux théories qu'il défend :

Don Juan (acte III, scène 4)
Songez que la nature est tout ce qui nous mène
Que, malgré la raison, son pouvoir nous entraîne
Que le crime n'est pas si grand qu'on nous le fait
Que tous ces châtiments, dont vous prêchez l'effet
Ne sont bons à prôner qu'à des âmes timides
Que l'on ne doit souffrir rien que ses sens pour guides
Qu'il faut assouvir jusqu'aux moindres désirs
Et n'avoir point d'égard qu'à ses propres plaisirs.